La calcite se présente sous forme de stalactites et de stalagmites dans les cavernes et se trouve également dans les gisements minéraux des sources chaudes. Il constitue les coquilles d'organismes marins tels que les bivalves et les échinodermes.
La calcite se trouve dans les roches sédimentaires, principalement le calcaire, qui est composé de coquilles d'organismes marins morts.
Dans les grottes calcaires, l'eau de pluie ruisselle sur les rochers et capte le dioxyde de carbone et d'autres minéraux du calcaire. Cette combinaison crée du bicarbonate de calcium, qui est essentiellement une version dissoute de la calcite, dans l'eau. L'eau s'égoutte du plafond et laisse derrière elle de la calcite qui devient une stalactite au fil du temps. Une stalagmite se forme lorsque la stalactite s'égoutte sur le sol de la grotte et que l'eau dépose de la calcite en un tas ascendant au fil du temps.
La calcite est présente dans les coquilles de palourdes, coraux, crabes et autres organismes marins. Il est également présent dans les parties dures des algues rouges, certains vers tubicoles et certaines éponges. On le trouve dans les roches volcaniques ou les roches du manteau telles que la kimberlite, les carbonatites et les péridotites.
La grotte de Snowy River au Nouveau-Mexique contient un lit de ruisseau de calcite blanche, qui est attribuée aux micro-organismes et aux eaux souterraines qui dissolvent les parois de la grotte au fil du temps.
Les plus gros cristaux de calcite jamais enregistrés ont été découverts en Islande et pesaient environ 250 tonnes.
