La pollution de l'eau par les nutriments provoque une prolifération d'algues et de plantes microscopiques, tandis que les polluants toxiques dans l'eau peuvent stresser les plantes ou même les tuer. Que la pollution ait un effet positif ou négatif sur la vie végétale, il perturbe l'équilibre de l'écosystème, souvent avec des effets dévastateurs.
La pollution par les nutriments se produit souvent en raison de nombreuses activités humaines, y compris le ruissellement des terres agricoles. La pluie dissout le phosphore et l'azote des engrais appliqués aux cultures et aux déchets animaux. L'augmentation des nutriments conduit à une prolifération potentielle d'algues qui provoque des points morts dans l'eau en raison de l'épuisement de l'oxygène.
Les pluies acides sont une autre forme de pollution de l'eau affectant la vie végétale. Les pluies acides se produisent lorsque l'eau dans l'atmosphère dissout des produits chimiques, notamment du dioxyde de soufre et du dioxyde d'azote, formés par les volcans et les moteurs d'automobiles. Lorsque les précipitations tombent au sol, elles polluent les réserves d'eau. Il abaisse le pH de l'eau et finalement du sol, inhibant la croissance de certaines plantes et en tuant d'autres.
La phytotoxicité se produit lorsque les toxines s'accumulent dans l'environnement et que le système racinaire de la plante les absorbe. Les produits chimiques s'accumulent dans les systèmes d'eau et dans l'environnement avec un effet cumulatif. Le mercure, qui affecte également les poissons et les animaux, a un effet toxique sur les plantes. Les graines ne poussent pas tandis que les plantes matures commencent à se faner et à mourir en raison de la phytotoxicité.
