Le royaume Monera comprenait des bactéries et des cyanobactéries. Les systèmes de classification changent lorsque des technologies telles que le séquençage de l'ADN fournissent de nouvelles informations sur la relation entre les organismes. Un système à trois domaines composé de bactéries, d'archées et d'Eucaryas a supplanté le système à cinq royaumes, et Monera est obsolète.
Un système de classification fonctionnelle divise les organismes par leurs types cellulaires plutôt que par leurs génomes. Les bactéries appartiennent aux procaryotes, qui se distinguent par l'absence de noyau et d'organites à membrane dans leurs cellules. La plupart des procaryotes sont des organismes unicellulaires visibles uniquement au microscope. Les eucaryotes comprennent les protistes, les champignons, les plantes et les animaux. Les archées sont des procaryotes qui partagent certaines caractéristiques avec les eucaryotes, notamment des gènes similaires.