La zone crépusculaire, également appelée zone mésopélagique, abrite de nombreuses espèces de calmars et de poulpes, ainsi que certains poissons bioluminescents, dont le poisson hachette. Certains animaux ressemblant à des méduses appelés cténophores et siphonophores vivent également dans la zone.
La zone crépusculaire n'a pas de vie végétale car l'obscurité de l'eau empêche la photosynthèse. Les animaux qui y vivent doivent être suffisamment forts pour résister à des températures plus froides et à une pression d'eau plus élevée que les animaux qui vivent plus près de la surface. Les poissons de la zone crépusculaire, y compris le poisson-vipère et le poisson-dragon, ont tendance à avoir un corps plus lourd car, contrairement aux poissons de surface, ils n'ont pas besoin de nager rapidement. Ils ont souvent de grandes dents et une grande bouche car leurs proies peuvent être plus grosses qu'elles ne le sont.
Certains animaux voyagent parfois dans des eaux moins profondes. Il s'agit notamment de poissons plus gros, tels que l'espadon, les requins-chats et les seiches. Plusieurs types d'anguilles, dont les anguilles-loups et les bécassines, peuvent également être trouvées dans la zone mésopélagique. Certains herbivores peuvent parfois s'aventurer dans la zone mésopélagique, mais n'y restent pas par manque de nourriture. Les animaux qui y vivent la plupart du temps sont des carnivores ou des animaux qui survivent grâce à des déchets, tels que des boulettes fécales et des organismes morts, qui s'enfoncent dans la zone crépusculaire. Ces animaux sont appelés détritivores.
