Les flagelles et les cils sont de longues structures en forme de cheveux qui ont l'apparence d'une queue qui les aide à déplacer la cellule. Les flagelles sont plus longs, mais les cils apparaissent en groupes plus grands.
Dans la plupart des structures vivantes plus petites, des cils et des flagelles sont présents. Ils se trouvent le plus souvent sur les cellules et peuvent être utilisés pour de nombreuses choses différentes. Les cils aident généralement au mouvement de la cellule dans l'environnement et peuvent aider à créer les composants nécessaires à la respiration. Bien que les flagelles soient tout aussi importants, ils ne font généralement qu'aider au mouvement de la cellule dans une zone.
Ces structures fonctionnent un peu comme les bras et les jambes des humains et des animaux. Ils sont capables de propulser la cellule pour la respiration, ainsi que la locomotion, et travaillent en combinaison avec la cellule pour s'assurer qu'elle est capable de bouger et de respirer. La plus grande différence physique entre les cils et les flagelles, outre les fonctions qu'ils remplissent individuellement, est leur apparence. Les cils sont généralement regroupés et la cellule contient de nombreux cils en un seul endroit. Ceux-ci fonctionnent ensemble et ressemblent le plus souvent aux pattes que l'on trouve sur les mille-pattes et les mille-pattes. Les flagelles sont plus longs que les cils et il n'y a généralement qu'un seul flagelle par cellule. Le flagelle est plus puissant seul et ne nécessite pas l'utilisation de plusieurs structures.