En Amérique du Nord, certaines des espèces menacées qui vivent dans les prairies comprennent le putois d'Amérique, le renard véloce et le faucon pèlerin. D'autres animaux des prairies, tels que le puma et le grand poulet des prairies, ne figurent pas sur la liste des espèces en voie de disparition, mais sont menacés et ont subi des pertes extrêmes en nombre.
Dans le monde, 581 animaux figurent sur la liste des espèces menacées dans les seuls habitats des prairies, et de nombreuses autres espèces sont menacées, selon la Liste rouge de l'UICN. L'intrusion humaine, directe ou indirecte, est la principale cause de la réduction de l'habitat des prairies naturelles. L'agriculture, le développement résidentiel et commercial, la production d'énergie et l'exploitation minière représentent tous de sérieuses menaces pour les animaux vivant dans les prairies. La faune des prairies est particulièrement sensible au déclin de la population car l'eau n'est pas abondante et les prairies sont souvent des zones idéales pour l'agriculture.
Le bison d'Amérique est un parfait exemple de l'effet de l'intrusion humaine sur les animaux indigènes vivant dans les prairies. L'espèce a failli disparaître au début du XIXe siècle en raison de la chasse commerciale et des maladies introduites par le bétail domestique, bien que le nombre de bisons d'Amérique ait augmenté en raison de la protection des parcs nationaux et des réserves fédérales.
Certains animaux des prairies ont déjà disparu, notamment le loup des grandes plaines et le mouton Audubon.
