Un trait homologue partagé entre deux espèces est en fait la même chose que la synapomorphie, mais la synapomorphie est le terme privilégié en biologie moderne. Les deux termes font référence à des similitudes entre différentes espèces qui dérivent d'une ascendance commune. Les similitudes entre les espèces qui ne sont pas d'ascendance partagée sont appelées traits convergents.
Le terme "homologie" a été utilisé pour la première fois par Robert Owen, un anatomiste comparatif des années 1800 qui a particulièrement remarqué les similitudes dans les membres antérieurs des animaux vertébrés. Chaque membre antérieur de vertébré a des structures et des arrangements osseux similaires. Charles Darwin a suggéré plus tard que ces similitudes étaient dues à une ascendance commune. Le passage de l'utilisation de l'homologie à la synapomorphie est dû au fait que la première a été utilisée avant le développement de la théorie de l'évolution. Ce dernier terme n'est utilisé que par les scientifiques avec cette perspective, et donc sa signification intègre des concepts évolutifs.
Tout trait qualifié de synapomorphie est celui qui est partagé au sein des descendants d'un ancêtre commun, mais pas avec d'autres groupes. L'aile d'une chauve-souris et l'aile d'un oiseau ont des arrangements osseux très différents, malgré des formes externes similaires. Puisque les similitudes ne proviennent pas d'un ancêtre commun, elles sont un exemple d'évolution convergente, pas de synapomorphie.
