La nécrose et l'apoptose se différencient par leurs causes, la nécrose étant le résultat accidentel d'interactions avec des agents pathogènes et l'apoptose étant le produit d'un mécanisme cellulaire programmé. Ce sont les deux principaux types de mort cellulaire chez organismes vivants et multicellulaires. Malgré cette dichotomie habituelle, la recherche indique que la distinction entre ces deux types de mort cellulaire n'est pas aussi claire qu'on le pensait autrefois.
La nécrose résulte de la libération de toxines par des agents pathogènes ou d'autres traumatismes dans les cellules, suffisantes pour provoquer la mort cellulaire. En général, cette mort cellulaire n'est pas un effet intentionnel de l'agent pathogène. C'est un effet secondaire de ses processus digestifs. De manière quelque peu confuse, des plaques de tissus morts sont identifiées comme des nécroses, même lorsque la cause de la mort cellulaire est inconnue.
L'apoptose est une partie vitale et régulière de la fonction globale de l'organisme et correspond à la mort programmée des cellules via leurs propres processus chimiques. Cela se produit dans tout le corps et est nécessaire pour faire place aux cellules de remplacement à mesure que les anciennes s'usent. Il se produit également en réponse à certains agents pathogènes, notamment des virus, car une cellule qui s'autodétruit ne propage pas le virus. L'apoptose débute par la destruction des structures internes de la cellule, souvent suivie d'une rupture de la membrane et de l'absorption de ses constituants par les cellules voisines. Parfois, cependant, comme dans les couches les plus externes de la peau, les cellules mortes ne se rompent pas mais restent en place et continuent à remplir une fonction après la mort.