À la suite des interactions entre l'Ancien Monde et le Nouveau Monde qui ont commencé avec le voyage de Christophe Colomb vers les Amériques, plusieurs nouvelles maladies ont été introduites dans la population amérindienne, notamment la grippe, la variole, le paludisme, la rougeole et le jaune fièvre. Le système immunitaire des Amérindiens, n'ayant jamais été exposé aux maladies avant l'arrivée des Européens, s'est avéré très sensible aux nouveaux agents pathogènes. Certaines estimations placent le nombre de décès dus à des maladies européennes parmi les populations amérindiennes à 80 à 95 % au cours des 150 premières années suivant le débarquement de Christophe Colomb en 1492.
La plupart des maladies apportées aux Amériques par les Européens étaient hautement contagieuses et se sont propagées rapidement parmi la population amérindienne, même dans les cas où les groupes affectés n'avaient aucun contact direct avec les Européens. La variole, une maladie pour laquelle un nombre important d'Européens avaient déjà développé une immunité acquise, était la plus meurtrière des nouvelles maladies introduites sur les côtes américaines. Une perte de vie comparativement beaucoup plus importante du fait de la variole s'est produite parmi les Amérindiens que les décès subis par l'Europe pendant la peste bubonique généralisée, connue sous le nom de peste noire.
La fièvre jaune sur le continent américain serait due à la traite négrière atlantique. Les esclaves qui ont été amenés aux Amériques avaient déjà développé une immunité acquise contre la maladie en Afrique, mais les systèmes immunitaires des Amérindiens et des colons européens n'étaient pas préparés à lutter contre la maladie et des épidémies de fièvre jaune ont continué à éclater dans les colonies jusqu'au années 1800.
