Les crocodiles vivent dans les cours d'eau calmes et peu profonds, tels que les rivières ou les marécages, dans les climats tropicaux d'Asie, d'Afrique, d'Australie et des Amériques. Certaines espèces de crocodiles préfèrent les habitats d'eau salée, tandis que d'autres préfèrent l'eau douce.
Les crocodiles d'Amérique et de Morelet, que l'on trouve tous les deux dans les régions caribéennes d'Amérique du Nord et d'Amérique centrale, se trouvent principalement dans les rivières et les marécages d'eau salée et d'eau douce. Les crocodiles américains peuvent être trouvés aussi loin au nord que dans le sud de la Floride.
Les crocodiles africains, tels que le crocodile au museau mince et le crocodile du Nil, ont tendance à préférer les rivières protégées, les mangroves et les marais d'eau douce. Le crocodile du Nil se trouve également en Afrique subsaharienne et à Madagascar.