La plupart des colonies bactériennes cultivées dans des plaques de milieux de culture sont généralement d'apparence blanche, crème ou jaune et sont relativement circulaires. Certaines colonies, cependant, peuvent présenter des caractéristiques peu communes. Les colonies fongiques, telles que les moisissures ou le champignon responsable du pied d'athlète, sont généralement grandes, floues et prennent une couleur différente à mesure qu'elles poussent vers l'extérieur de leur centre.
Les caractéristiques spécifiques d'une colonie sont appelées morphologie de la colonie, ce qui facilite l'identification de l'espèce. En plus des caractéristiques de base, certaines colonies peuvent être identifiées par une forme irrégulière, filamenteuse ou rhizoïde.
Tourner la boîte de culture sur le côté permet à l'observateur de noter si l'élévation ou la section transversale de la colonie est surélevée, convexe, plate, en forme d'umbonate ou cratériforme. Un autre facteur d'identification est l'opacité ; la colonie peut être claire, translucide, opaque ou irisée.
