La fonction d'un choanocyte est de créer un flux d'eau à travers le corps d'une éponge. Cela permet aux nutriments de filtrer et de nourrir l'éponge.
Les choanocytes sont des cellules situées sur les appendices en forme de fouet, appelés flagelles, situés dans l'éponge, lit Reference.com. Ces flagelles battent alors constamment l'eau, propulsant l'eau et les nutriments à travers les pores de l'éponge, que les choanocytes piègent. Le mouvement de l'eau initié par les choanocytes aide les systèmes digestif et respiratoire de l'éponge, car en plus d'attirer de l'eau, ils attirent également de l'oxygène. Ils rejettent ensuite à la fois le dioxyde de carbone et les déchets.
Les choanocytes sont la troisième couche qui compose une éponge. La première couche donne aux éponges leurs pores et la deuxième couche donne leur forme aux éponges. Les cellules de la deuxième couche sont un mélange de cellules mobiles et squelettiques. Les cellules mobiles, appelées amibocytes, travaillent de concert avec les choanocytes pour nourrir l'éponge. Ils digèrent la nourriture que les choanocytes leur fournissent et transportent l'oxygène dans tout le corps.
L'éponge fait partie du règne animal, mais elle partage également des caractéristiques avec les protistes, comme les choanocytes. On pense que ces choanocytes sont un descendant du choanoflagellé, un ancien protiste.