La principale différence entre les cils et les flagelles réside dans leur organisation. Les cils et les flagelles sont tous deux des extensions flexibles qui aident les cellules à se déplacer.
Les cils et les flagelles sont des organites ou des extensions cellulaires structurellement similaires qui facilitent le mouvement cellulaire. Les cellules ont généralement un ou deux flagelles plus longs et de nombreux cils plus courts. Le mouvement de battement des cils est différent de celui des flagelles, en ce sens que les flagelles se déplacent selon un mouvement ondulatoire et les cils se déplacent d'une manière plus compliquée.
Un seul flagelle peut déplacer une cellule à la manière d'un fouet, ou deux flagelles peuvent se déplacer en tandem. Cependant, les cils couvrent la majeure partie du corps de la cellule et battent de manière coordonnée.
