Les champignons sont des décomposeurs essentiels dans l'écosystème, décomposant les organismes morts et les déchets biologiques, libérant les nutriments pour une utilisation par d'autres organismes et éliminant leurs restes. Les champignons agissent également en partenariat avec certaines plantes et algues, et sont souvent vitales pour la survie de ces organismes. Certaines espèces sont des parasites.
Les champignons reçoivent tous de l'énergie et de la nutrition de leur environnement et sont incapables de générer de la nourriture pour eux-mêmes comme le font les plantes. Les champignons se développent sous forme de masses de structures filiformes appelées hyphes. Ceux-ci ont une surface très élevée pour leur volume, et permettent aux champignons d'absorber facilement les nutriments. Ils sont généralement enfouis profondément dans le sol et dans des organismes en décomposition, comme le bois pourri. Les champignons parasites ont des hyphes spécialisés pour pénétrer les organismes vivants, généralement les plantes.
Les champignons dans les relations mutualistes avec les algues sont appelés lichens. Les associations entre les espèces fongiques et les espèces d'algues sont souvent si complètes que chaque type reçoit un nom d'espèce dans son ensemble, bien qu'il contienne deux organismes différents. En raison de cette association, les lichens peuvent survivre là où aucun autre organisme photosynthétique ne le peut, et ils constituent une source de nourriture vitale dans certains environnements très froids. D'autres champignons poussent en association avec les racines des plantes, où ils fournissent des nutriments essentiels en échange de sucres et d'acides aminés. On estime que 90 pour cent des plantes vasculaires ont des espèces de champignons associées dans des relations mutualistes avec elles.
