Les virus sont nommés scientifiquement de la même manière que les organismes ; ils sont désignés par genre et par nom d'espèce. Au-dessus de ceux-ci, deux systèmes de classification, complémentaires à chacun, créent une taxonomie des virus.
Le Comité international sur la taxonomie des virus organise les virus dans l'un des sept ordres, qui contiennent des familles et des sous-familles avant les désignations de genre et d'espèce. Les virus sont difficiles à classer au-dessus de la taxonomie d'un ordre, car ils ont des génomes relativement petits et un taux de mutation élevé. Le système de classification de Baltimore, défini pour la première fois en 1971, sépare les virus en sept groupes en fonction de leur combinaison d'acide nucléique en ADN ou ARN, qu'ils soient simple ou double brin, méthode de réplication et polarité de l'acide nucléique en positif ou négatif .