Les champignons sont hétérotrophes, ce qui signifie qu'ils répondent à leurs besoins en carbone et en énergie en décomposant et en assimilant la matière organique. Les champignons sont capables d'absorber et de métaboliser une grande variété de glucides, dont le glucose, le xylose et fructose. Les glucides plus difficiles sont également faciles à digérer, comme la cellulose et l'hémicellulose.
Les champignons utilisent des enzymes pour décomposer les matériaux sur lesquels ils poussent. Lors de l'absorption de la matière digérée, la nourriture doit se présenter sous la forme d'une solution afin de pénétrer dans les parois hyphales des champignons. Les champignons et les bactéries saprobiques sont en grande partie responsables de la majeure partie de la décomposition organique. En général, les champignons ont besoin d'oxygène pour survivre, mais ils sont également capables d'utiliser la fermentation lorsqu'ils manquent d'oxygène.