Les rivières et les ruisseaux font partie du biome d'eau douce, et ils connaissent des climats différents sur toute leur longueur. À la source, ces cours d'eau ont des températures plus fraîches et une eau plus claire. Au fur et à mesure que l'eau se déplace vers l'embouchure des affluents, elle se réchauffe, favorisant une plus grande diversité végétale et animale.
Les sources souterraines, les lacs débordants et la fonte des neiges donnent tous naissance à des rivières et des ruisseaux. L'eau fortement oxygénée se déplace dans un sens, généralement vers une rivière, un estuaire, une baie ou un océan plus grand. La truite et le saumon prospèrent dans cette section, mais les plantes aquatiques et les algues sont limitées car la photosynthèse n'est pas aussi efficace à basse température. Les plantes utilisent la photosynthèse pour convertir le dioxyde de carbone et l'eau en sucre et en oxygène.
Au fur et à mesure que l'eau se déplace vers l'aval, le cours d'eau augmente en volume et en largeur. Les courbes et les rochers de la rivière ralentissent son mouvement et la température commence à augmenter, permettant à la vie végétale de s'installer. Les animaux tels que les castors contribuent à modifier le flux, tout comme les sédiments ramassés en cours de route.
Une fois que l'eau atteint l'embouchure de la rivière ou du ruisseau, elle est trouble avec moins d'oxygène et abrite des espèces telles que le poisson-chat et la carpe. Les températures plus chaudes favorisent la croissance des plantes et des arbres des marais, qui attirent les amphibiens, les reptiles et les oiseaux filtreurs, comme les canards. Ce sont les zones humides, le pont entre les biomes d'eau douce et d'eau salée. La température de l'eau plus chaude et la diversité de la vie augmentent l'humidité, qui à son tour réchauffe l'air et le paysage.