Selon Nature Education, les enzymes de restriction sont utilisées pour couper l'ADN en morceaux plus petits qui peuvent ensuite être séparés par taille par électrophorèse sur gel. Les enzymes de restriction typiques coupent l'ADN au niveau des sites de reconnaissance de quatre ou six paires de bases, résultant en de très petits morceaux d'ADN.
Selon une page Web de Colorado State Biotechnology, les enzymes de restriction sont dérivées d'enzymes bactériennes qui sont une forme de système immunitaire rudimentaire pour les bactéries. Ces enzymes ont évolué pour couper et détruire tout ADN étranger dans les bactéries, c'est pourquoi elles coupent l'ADN en petits morceaux. Les enzymes de restriction et l'électrophorèse sur gel sont également utilisées pour la technologie de recombinaison de l'ADN, qui permet d'échanger des gènes modifiés dans et hors de l'ADN à des fins de clonage.