Les insectes tels que les pucerons, les moucherons et la teigne de Chine adorent manger les nénuphars. La teigne de Chine est un ravageur majeur du nénuphar. Parmi les autres consommateurs de nénuphars figurent les tortues, certaines espèces de carpes koï et les escargots Pond and Apple.
Outre les animaux et les insectes, les nénuphars sont également sensibles à la pourriture du collet, une maladie très contagieuse. Par rapport aux plantes terrestres telles que les roses et les légumes, les nénuphars sont beaucoup plus robustes et plus faciles à cultiver. La plupart des problèmes auxquels les nénuphars sont confrontés sont superficiels, causent peu de dommages permanents et peuvent être facilement contrôlés ou évités. Les agents biologiques respectueux de l'environnement, tels que la terre de diatomées, fonctionnent très bien pour prévenir la plupart de ces problèmes.
