Il existe de nombreux types de poissons prédateurs qui mangent un poisson-clown, notamment des requins, des anguilles et la plupart des poissons prédateurs qui sont plus gros que le poisson-clown. Cependant, les humains sont généralement considérés comme le plus grand prédateur du poisson-clown, car les humains attrapent fréquemment des poissons-clowns pour les aquariums et les aquariums en raison de leur popularité.
Bien que de nombreuses espèces de poissons mangent un poisson-clown si on leur en donne l'occasion, le poisson-clown se protège grâce à une relation symbiotique avec les anémones de mer. Les tentacules de la plupart des anémones de mer piquent la majorité des poissons s'ils s'approchent trop près, mais les poissons-clowns ont développé une résistance à ces piqûres qui leur permet de vivre dans et autour des tentacules sans aucun mal. Les poissons-clowns se cachent dans les tentacules des anémones pour les protéger des prédateurs, mais ils mangent aussi les restes du poisson que l'anémone tue et mange.
Cette relation n'est pas seulement bénéfique pour les poissons-clowns, car ils aident à leur tour les anémones en les gardant propres. Ils le font à la fois en mangeant les restes d'anémones et les petits parasites qui tentent de vivre dans l'anémone. Les poissons-clowns sont également très agressifs et chassent généralement d'autres types de poissons qui tentent de manger les tentacules de l'anémone.