Une protéine marqueur existe dans la membrane cellulaire et sert d'identifiant de la cellule. La protéine analyse tous les envahisseurs, se lie à eux et induit une réponse visuelle pour prendre sa décision.
Le système immunitaire d'un organisme utilise des protéines marqueurs pour distinguer les cellules amies des envahisseurs étrangers. Les protéines marqueurs sont toutes des identifiants uniques, un peu comme les empreintes digitales humaines, il n'y en a pas deux identiques.
Ces protéines jouent un rôle important dans des choses comme la transplantation d'organes humains. Si les protéines marqueurs sur l'organe transplanté sont différentes de celles de l'organe d'origine, le corps le rejettera en tant qu'envahisseur étranger.
