La chromatographie est utilisée en médecine légale pour identifier l'usage de drogues, différencier les différentes poudres de bombes et mettre en évidence la composition chimique de différentes substances. En tant qu'approche permettant aux médecins légistes de séparer les composants chimiques, la chromatographie détecte immédiatement la substance ou permet de passer plus facilement à un test précis.
À l'aide de la chromatographie sur couche mince, les scientifiques peuvent traquer les braqueurs de banque. Certaines banques placent des colorants rouges au milieu des liasses de billets, qui explosent comme une petite bombe lorsque les voleurs les prennent. Lorsque quelqu'un braque une banque, le caissier s'assure qu'un de ces paquets lui est remis. Bien que ce colorant rouge explose et indique que le voleur est coupable, une chromatographie est nécessaire pour différencier le colorant des autres sources de coloration rouge. Comme aucun autre colorant n'a la même composition que celui utilisé par les banques, son identification est un moyen simple d'obtenir des preuves.
La chromatographie est également utilisée pour différencier les poudres à canon et à bombe. Les chimistes plongent la poudre dans un solvant, ce qui peut la décomposer en parties plus petites. Les plus petites pièces constitutives sont ensuite placées dans une machine de chromatographie liquide à haute performance, qui les soumet à des forces qui les font entrer et sortir d'un tube. En enregistrant la vitesse à laquelle ces substances se déplacent et en les mesurant par rapport aux temps de rétention établis, il est possible d'identifier le type de poudre.
Les tests de dépistage de drogue sont une application courante de la chromatographie en médecine légale. En plaçant des extraits de médicaments sur de la silice et en les plaçant dans un solvant, les scientifiques peuvent suivre le mouvement des molécules et les mesurer par rapport aux schémas médicamenteux connus.