Les non-pathogènes sont généralement des microbes inoffensifs qui habitent un organisme vivant, comme Staphylococcus aureus et candida. Certains microbes non pathogènes sont des bactéries qui peuvent être bénéfiques pour l'organisme humain, comme les bactéries lactiques. La plupart des bactéries non pathogènes, les lactocoques et les bactéries lactiques, proviennent d'aliments tels que les produits laitiers, la viande et certains légumes. Ceux-ci sont également connus sous le nom de bactéries gram-positives et de probiotiques.
Les agents pathogènes, quant à eux, sont des bactéries, des germes, des parasites et des virus qui causent des infections et des maladies. Cependant, depuis la fin du 19ème siècle, il y a eu un débat sur l'innocuité de certains microbes non pathogènes. Selon BMC Biology, le même microbe peut exister dans des états pathogènes et non pathogènes. Chez un individu dont le système immunitaire est déficient, un microbe non pathogène peut devenir un agent pathogène opportuniste, activant les mauvais gènes des microbes qui peuvent alors provoquer une maladie grave.
En 2014, les scientifiques continuent de rechercher les causes qui peuvent faire d'un non-pathogène un microbe pathogène. Les microbes pathogènes se développent souvent pour devenir résistants aux antibiotiques. Selon BMC, les antibiotiques et la chirurgie rendent un individu plus vulnérable et peuvent déclencher le développement d'un microbe pathogène qui provoque des infections ou des maladies. Le staphylocoque est un microbe qui devient souvent un agent pathogène qui provoque des infections nosocomiales.
