Trois choses qui peuvent dénaturer les enzymes sont la température, le niveau de pH et les concentrations de sel. Les enzymes sont des protéines ; comme pour toutes les protéines, les enzymes ne fonctionnent que dans certains environnements optimaux. Ces environnements optimaux comprennent certaines plages de températures, des niveaux de pH spécifiques et des concentrations de sel particulières.
Si une enzyme n'est pas dans son environnement optimal, elle peut ne pas fonctionner correctement ou même pas du tout. Les enzymes deviennent dénaturées ou défigurées dans des environnements non optimaux. Les enzymes dénaturées perdent leurs formes pliées tridimensionnelles naturelles.
De nombreuses enzymes ne fonctionnent pas bien à haute température. Une augmentation de la température favorise généralement la fonction enzymatique, mais à des températures supérieures à 40 degrés Celsius, de nombreuses enzymes animales ne fonctionnent plus. Un changement de pH affecte les liaisons hydrogène, un type de liaison faible qui relie des parties de l'enzyme les unes aux autres ; cela change la forme de l'enzyme. Les changements de salinité affectent la liaison du groupe R dans les acides aminés, les éléments constitutifs de toutes les protéines. Ces groupes R, également appelés chaînes latérales d'acides aminés, interagissent les uns avec les autres pour produire la forme tridimensionnelle d'une protéine.