Toutes les espèces de phoques ne sont pas menacées, mais pour les nombreuses espèces menacées, il existe un certain nombre de causes différentes, notamment la chasse, le changement climatique et les catastrophes naturelles. Les populations de nombreuses espèces de phoques n'ont cessé de décliner au cours des dernières centaines d'années, car les humains en ont tué des millions pour leur peau, leur viande et leur graisse.
L'environnement changeant et le déclin de la banquise arctique en raison du changement climatique ont également commencé à faire des ravages sur de nombreuses espèces de phoques, notamment les phoques tachetés, barbus, annelés et rubans. Connus collectivement sous le nom de phoques des glaces, le déclin de la banquise a entraîné des taux élevés de mortalité des bébés phoques, mettant nombre de ces espèces en danger d'extinction.
Les marées noires, la pollution et d'autres facteurs humains ont également joué un rôle majeur dans la mise en danger de nombreuses espèces de phoques. De nouveaux virus ont également décimé la population de certaines espèces, comme le phoque moine de Méditerranée, qui a perdu plus des deux tiers de sa population totale en 1997 à cause d'un virus. Certaines espèces de phoques souffrent également d'une faible diversification génétique, ce qui les rend beaucoup plus difficiles à s'adapter aux changements de leur environnement.
Le phoque moine de Méditerranée est l'une des quatre espèces de phoque les plus menacées au monde, avec le phoque moine d'Hawaï, le phoque annulaire de Saimaa et le phoque commun des lacs de Loups Marins, également connu sous le nom de phoque d'Ungava.
