Le chien de prairie est devenu une espèce en voie de disparition principalement en raison de la perte d'habitat due au développement urbain et agricole. Il existe plusieurs espèces de chiens de prairie, chacune étant menacée par différentes causes, dont la peste.
Le chien de prairie à queue noire est presque éteint depuis 2014. Il a été conduit dans cet état principalement en raison de son absence d'immunité contre la peste. Le chien de prairie de Gunnison a été menacé par la peste, l'aménagement du territoire et les forages gaziers et pétroliers. La perte d'habitat au profit de l'agriculture a mis en danger le chien de prairie mexicain. Le chien de prairie de l'Utah est menacé par le pâturage du bétail, la peste et la perte d'habitat. En 2010, le U.S. Fish & Wildlife Service a refusé la protection des chiens de prairie en vertu de la loi sur les espèces en voie de disparition.
