Les champignons sont essentiels à l'écosystème car ils agissent comme des décomposeurs majeurs, des symbiotes végétaux et des parasites. Les champignons en décomposition sont extrêmement bien adaptés à la dégradation des tissus végétaux, en particulier le bois, et renvoient de grandes quantités de carbone à l'atmosphère en le faisant. Ils sont donc des éléments majeurs du cycle du carbone.
Bien que la décomposition du bois soit l'un de leurs rôles les plus importants, les champignons décomposent également d'autres matières organiques. Les champignons aident également à traiter le sol, à décomposer les herbes et à décomposer les excréments d'animaux. Sans ces décomposeurs, ces matériaux resteraient plus longtemps dans l'environnement avant d'être transformés en matériaux utiles à d'autres organismes.
D'autres types de champignons aident les arbres à pousser. Ces types de champignons poussent entrelacés avec les racines des arbres, recevant de l'eau et des composés organiques en échange de rendre certains minéraux essentiels plus accessibles aux arbres. Les espèces individuelles de champignons sont souvent spécifiques à une espèce particulière d'arbre. Les champignons ne peuvent généralement pas survivre sans les arbres, tandis que les arbres ne poussent pas aussi bien sans les champignons.
Les champignons parasites peuvent être très destructeurs, attaquant à la fois les plantes et les animaux. Il s'agit notamment des agents phytopathogènes les plus dangereux. Une seule espèce est soupçonnée de détruire des milliards de châtaigniers. Les parasites fongiques peuvent également attaquer les humains, provoquant des maladies telles que certains types de pneumonie.
