Il existe quatre modes de nutrition pour le royaume des eubactéries : les photoautotrophes, les chimioautotrophes, les photohétérotrophes et les chimiohétérotrophes. Chacun d'entre eux a une combinaison différente de façons d'obtenir de l'énergie et du carbone.
Les photoautotrophes sont des organismes qui effectuent la photosynthèse de la même manière que les plantes, en utilisant la lumière pour générer de l'énergie et du dioxyde de carbone pour générer des composés carbonés. Les chimioautotrophes utilisent également du dioxyde de carbone pour fabriquer des composés carbonés, mais ils utilisent des produits chimiques inorganiques comme sources d'énergie plutôt que de lumière. Les photohétérotrophes tirent leur énergie de la lumière du soleil, mais ingèrent également des composés organiques du carbone comme source de carbone. Les chimiohétérotrophes obtiennent à la fois leur énergie et leur carbone en ingérant des produits chimiques organiques. Dans tous les cas, lors de la génération d'énergie en métabolisant des produits chimiques, la source d'énergie peut être appelée un donneur d'électrons, et le traitement de ce donneur nécessite généralement un accepteur d'électrons, le plus souvent de l'oxygène.
Les bactéries qui dépendent de l'ingestion de produits chimiques pour produire de l'énergie peuvent soit dépendre de l'oxygène, soit utiliser d'autres accepteurs d'électrons. Les bactéries qui génèrent de l'énergie à partir de composés chimiques sans oxygène utilisent soit la respiration anaérobie, soit la fermentation. La respiration anaérobie nécessite l'utilisation d'accepteurs d'électrons alternatifs tels que les nitrates, les sulfates ou le dioxyde de carbone. Les bactéries qui utilisent des composés inorganiques pour produire de l'énergie peuvent également utiliser couramment de l'hydrogène, du monoxyde de carbone, de l'ammoniac ou des métaux réduits. La fermentation n'utilise aucun accepteur d'électrons alternatif, produisant à la place des déchets tels que l'éthanol ou l'acide lactique.
