L'atome de phosphore dans le trichlorure de phosphore possède une seule paire d'électrons, ce qui rend l'atome polaire. Les trois atomes de chlore liés à l'atome de phosphore exercent une traction sur les électrons de la molécule, tandis que le la paire seule ne le fait pas.
Le trichlorure de phosphore a une structure pyramidale, avec l'atome de phosphore au centre. Le chlore est très électronégatif et attire les électrons plus près de lui. La seule paire d'électrons, cependant, n'attire pas les électrons vers elle-même ; en fait, cela les repousse. Le résultat net est un mouvement de densité électronique loin de la paire isolée, ce qui crée un centre de charge positive. Inversement, la zone entre les trois atomes de chlore devient un centre de charge négative, rendant l'atome polaire.