Bien que les diverses théories sur la cause du 11 septembre varient considérablement et incluent l'affirmation des théoriciens du complot selon laquelle il s'agissait d'un travail de l'intérieur du gouvernement des États-Unis, la majorité des gens pensent qu'il visait à protester contre le soutien américain à Israël ainsi que sa présence militaire au Moyen-Orient en général. Les attaquants seraient des terroristes islamiques de plusieurs pays du Moyen-Orient financés par Oussama ben Laden. Chacun des 19 pirates de l'air qui, ensemble, ont pris le contrôle de quatre avions commerciaux dans l'intention de commettre des attentats-suicides étaient directement associés au groupe terroriste al-Qaida de Ben Laden.
Ben Laden a déclaré la guerre sainte contre les États-Unis en 1998. À cette époque, il avait appelé au meurtre de civils américains dans une fatwa qu'il avait signée. Plusieurs érudits du Moyen-Orient pensent que le 911 était la manière de Ben Laden de provoquer les États-Unis dans une guerre qui inciterait les musulmans du monde entier à s'unir contre l'Occident.
Les critiques du gouvernement fédéral soutiennent que l'échec à contrecarrer le 11 septembre est le résultat du fait que le gouvernement américain n'a pas partagé d'informations entre ses diverses agences de renseignement, dont plusieurs avaient prévenu à l'avance des parties du complot du 11 septembre.
D'autres accusent le laxisme de la sécurité des aéroports, soulignant le fait que les terroristes ont réussi à faire entrer en contrebande des couteaux et des cutters dans des avions dans trois aéroports de la côte est.
