Il est important d'éviter de creuser dans la gélose avec l'anse en raison du risque élevé de contamination croisée entre différents échantillons. La contamination rend une boîte de Pétri ou une plaque à stries inutilisable. L'American Society for Microbiology déclare qu'une mauvaise stérilisation des boucles augmente également le risque de contamination.
Selon l'Université de Boston, le protocole moderne des plaques à stries nécessite trois ou quatre échantillons par boîte de Pétri. Chaque segment nécessite un nouvel écouvillon ou une boucle stérilisée. Les outils les plus populaires utilisés pour inoculer la gélose sont les cotons-tiges et les boucles métalliques. Les cotons-tiges sont des instruments à usage unique car ils ne résistent pas à la stérilisation à la flamme. Les boucles métalliques réutilisables nécessitent une stérilisation après chaque utilisation.
Certains scientifiques préfèrent utiliser des boucles en plastique. Ceux-ci ressemblent à des boucles métalliques mais doivent être jetés après chaque inoculation. Les aiguilles en métal sont une autre option. Comme les boucles métalliques, les aiguilles nécessitent une stérilisation.
L'American Society for Microbiology recommande de stériliser les boucles et les aiguilles métalliques en les faisant passer à travers la flamme d'un bec Bunsen réglé au minimum. Pour stériliser un instrument, insérez-le dans la partie bleu clair de la flamme et maintenez-le là jusqu'à ce qu'il devienne orange ou rouge. L'insertion progressive de la boucle ou de l'aiguille dans la flamme empêche la pulvérisation de liquides potentiellement dangereux.
Un autre moyen efficace de stériliser les boucles et les aiguilles en métal est de les placer dans une machine d'incinération conçue à cet effet. Cette méthode de stérilisation prend moins de 10 secondes. Cependant, l'incinérateur met plusieurs minutes pour atteindre la température de fonctionnement.
