Un diaphragme sur un microscope est la pièce qui permet à l'utilisateur d'ajuster la quantité de lumière qui est focalisée sous l'échantillon observé. Un diaphragme se trouve généralement sur les microscopes à haute puissance par rapport à moins cher ou des modèles de jouets.
Le diaphragme est situé directement sous la platine ou la plate-forme où l'utilisateur place l'échantillon ou la lame. Le disque du diaphragme, parfois appelé iris, comporte de minuscules trous qui laissent passer divers degrés de lumière sous le spécimen. En ouvrant le diaphragme, un élément qui apparaît au premier abord trop sombre est plus facile à observer. Le réglage du diaphragme peut également créer un contraste pour une meilleure visualisation des spécimens transparents.