Il est important de bien équilibrer une centrifugeuse car une machine déséquilibrée peut endommager le rotor, causer des dommages catastrophiques à la machine elle-même, voire blesser ou tuer le personnel de laboratoire travaillant dans la pièce. Équilibrer une centrifugeuse consiste à répartir le poids des échantillons sur l'ensemble du rotor.
Lorsqu'il y a un nombre pair d'échantillons, la centrifugeuse peut être équilibrée en divisant le nombre total de tubes par deux et en plaçant les deux ensembles dans le rotor directement en face l'un de l'autre pour créer un nombre égal de tubes de chaque côté. Par exemple, une collection de huit échantillons est équilibrée en en plaçant quatre d'affilée de chaque côté.
Lorsqu'il y a un nombre impair d'échantillons, un tube de balance contenant du liquide dans le même volume et la même densité que les échantillons à tester peut être utilisé pour créer un nombre pair de tubes. Alternativement, un nombre impair de tubes peut être disposé à l'aide d'un modèle algorithmique basé sur le nombre spécifique de tubes d'échantillon et le nombre de fentes disponibles dans le rotor de la centrifugeuse. À titre d'exemple, dans un rotor à 12 emplacements, l'équilibre peut être obtenu en plaçant trois tubes d'échantillon dans un motif triangulaire, en laissant trois emplacements vides entre chaque emplacement rempli.
