En raison de son association avec les membres du Katipunan, José Rizal a été impliqué comme l'un de ses fondateurs et a été jugé pour sédition, rébellion et complot devant un tribunal militaire. Rizal était déjà en Méditerranée lorsqu'il a été arrêté en route et ramené à Manille pour y être jugé. Il a été reconnu coupable des trois chefs d'accusation. Il fut condamné à mort et exilé à Dapitan en 1893.
Rizal a été arrêté par les autorités espagnoles pour plusieurs motifs, notamment la fondation d'une société, la publication de livres et de journaux diffusant des idées rebelles et séditieuses au public, la possession d'une liasse de prospectus qui violaient les ordres espagnols, critiquant la religion propagée par les Espagnols et propagation de l'obstructionnisme aux Philippines.
Même si Rizal a été envoyé à Dapitan en tant que prisonnier, ses années de séjour dans la province ont été l'une des périodes les plus fructueuses de sa carrière en tant que médecin, agriculteur, homme d'affaires, ingénieur, enseignant, scientifique et linguiste. Il a utilisé ses jours restants à Dapitan pour améliorer ses compétences littéraires et artistiques. C'est également à Dapitan que Rizal a rencontré et épousé Joséphine Bracken, la fille d'un ingénieur de Hong Kong à la retraite. Les deux ont eu un fils, qui est décédé peu de temps après la naissance.
