Le glycogène se trouve principalement dans le foie et dans les muscles squelettiques du corps humain. Le National Center for Biotechnology Information rapporte que le foie a une concentration en glycogène de 10 pour cent en poids, par rapport à 2 pourcentage de concentration dans les muscles squelettiques. Cependant, les muscles squelettiques contiennent la majeure partie du glycogène dans le corps en raison de leur masse globale.
Le glycogène est une forme de stockage du glucose que le corps peut facilement métaboliser pour fournir le glucose nécessaire à l'énergie. Des quantités substantielles de glucose sont stockées sous forme de glycogène, et non de graisse, pour une conversion facile en glucose pour l'apport d'énergie entre les repas. Le glycogène est donc une réserve de glucose ainsi qu'un moyen pour le corps humain de maintenir l'équilibre de la glycémie.
Le corps peut facilement métaboliser le glycogène, même en l'absence d'oxygène, ce qui fait du glycogène une importante source d'énergie lors d'activités intenses ou soudaines. Le glycogène stocké dans les muscles est décomposé par les cellules musculaires pour être utilisé dans les muscles, tandis que le glycogène stocké dans le foie est décomposé pour être utilisé dans le reste du corps, y compris le système nerveux. En revanche, l'énergie stockée sous forme de graisse n'est pas facilement disponible. Les quantités de glycogène stockées dans les muscles, le foie et les globules rouges dépendent de l'entraînement du corps, de son métabolisme de base et des habitudes alimentaires de l'individu.