Même s'il y avait une théorie populaire selon laquelle Stegosaurus aurait pu avoir deux cerveaux, un dans sa tête et un vers sa queue ou son arrière, cette idée a été largement discréditée en paléontologie. Certains paléontologues peuvent tenez toujours à cette théorie et essayez de trouver des moyens pour que cela soit vrai, mais dans l'ensemble, ce n'est pas une idée acceptée.
Les scientifiques ont longtemps postulé que le stégosaure devait avoir un cerveau relativement petit par rapport à sa taille, ce qui pourrait être à l'origine du mythe des deux cerveaux. Cependant, il n'y a aucune preuve pour soutenir l'idée que ce dinosaure avait un cerveau séparé pour contrôler sa moitié arrière.