Les paramécies sont des ciliés, ce qui signifie qu'elles utilisent des pousses ressemblant à des cheveux, ou cils, pour se déplacer dans leur environnement, tandis qu'une amibe est une sarcodine, ce qui signifie qu'elle forme des pseudopodes qui lui permettent de se déplacer et de se nourrir. Les amibes vivent dans l'eau et le sol, tandis que les paramécies apparaissent dans l'eau douce.
Les amibes capturent la nourriture en l'entourant de pseudopodes, créant une vacuole alimentaire pour décomposer la nourriture en nutriments. Les paramécies utilisent également les vacuoles alimentaires pour digérer ce qu'elles mangent, mais les paramécies absorbent les aliments en utilisant le sillon buccal. Lorsque les aliments traversent le sillon buccal, ils pénètrent dans une vacuole à la fin, qui se sépare du sillon pour faciliter la digestion.
Une autre différence entre la paramécie et l'amibe concerne la fonction et le nombre du noyau. Une amibe n'a qu'un seul noyau, qui gère toutes les fonctions de la cellule, y compris la reproduction. Les paramécies ont un gros noyau et un petit noyau. Le petit noyau gère la reproduction, tandis que le gros noyau contrôle toutes les autres fonctions de la cellule.
Une différence supplémentaire concerne la forme de ces protistes. Les paramécies gardent une forme cohérente grâce à la pellicule, une enveloppe souple mais qui ne permet pas à la forme de l'organisme de changer. Les amibes changent de forme à chaque fois qu'elles ajoutent un nouveau pseudopode.