Les eubactéries, également appelées simplement « bactéries », peuvent être trouvées dans tous les habitats de la Terre. Ces organismes sont très variés et très adaptables, causant de nombreuses maladies chez l'homme mais aussi effectuant de nombreux processus utiles.
Une façon d'identifier les eubactéries est leur utilisation d'oxygène. Ceux qui utilisent de l'oxygène ou prospèrent dans des environnements riches en oxygène sont appelés aérobies tandis que ceux qui n'en utilisent pas sont appelés anaérobies. Certaines eubactéries sont capables de créer des endospores, ce qui leur permet de survivre dans des conditions très difficiles. Pour cette raison, les eubactéries peuvent être trouvées même dans des environnements gelés, chauds, radioactifs ou chimiquement hostiles.
