Le phénomène météorologique connu sous le nom d'El Niño est causé par l'affaiblissement des alizés au-dessus de l'océan Pacifique. Normalement, l'eau chaude est poussée vers l'ouest de l'océan Pacifique par les alizés, ce qui fait monter l'eau froide dans l'est de l'océan Pacifique. Les vents faibles l'empêchent, provoquant un événement El Niño.
Les forts alizés qui feraient normalement monter les eaux profondes de l'océan au large des côtes de l'Amérique du Sud sont affaiblis lors d'un événement El Niño. La cause exacte de l'affaiblissement des alizés est inconnue; cependant, les scientifiques ont remarqué une oscillation des températures de surface de l'eau dans l'océan Pacifique, appelée oscillation australe El Niño.
La zone de l'océan Pacifique autour de l'Indonésie est souvent appelée la piscine d'eau chaude du Pacifique par les scientifiques. Normalement, les eaux plus chaudes de la Pacific Warm Pool sont poussées vers l'ouest par les alizés. El Niño se caractérise avant tout par l'affaiblissement de ce phénomène.
Les effets d'El Niño peuvent être ressentis dans le monde entier, mais touchent principalement l'Amérique du Sud. El Niño entraîne souvent une augmentation des précipitations, des orages, des mortalités massives de poissons et, lors d'événements extrêmes d'El Niño, des inondations massives. El Niño provoque également des changements de température dans les modèles climatiques régionaux à travers le monde. El Niño se produit pendant les mois de décembre, janvier et février.