Le fleuve Mississippi s'est formé en grande partie pendant la grande période glaciaire lorsque de grandes plaques de glace ont commencé à fondre et que l'eau qui en résulte s'est accumulée dans les lacs glaciaires de ce qui est aujourd'hui le Wisconsin et le Minnesota. Cette eau s'écoulait lentement vers le golfe du Mexique, creusant le fleuve Mississippi au fur et à mesure qu'il coulait.
Le fleuve Mississippi et ses affluents constituent le plus grand système de drainage en Amérique du Nord. Commençant dans le nord du Minnesota, il se dirige vers le sud, jusqu'au golfe du Mexique, transportant de l'eau qui s'écoule des montagnes Rocheuses et Appalaches vers l'océan. Le fleuve Mississippi possède le quatrième plus grand bassin de drainage au monde, encapsulant plus de 1,2 million de miles carrés et environ 40 pour cent de la masse continentale des États-Unis.
On pense que le delta du Mississippi, où il se jette dans le golfe du Mexique, s'est formé il y a environ 7 000 ans. Cependant, il continue de changer à mesure que la rivière transporte des sédiments des parties supérieures du continent et les dépose dans le golfe. À mesure que les niveaux de sédiments augmentent, les plantes commencent à pousser, étendant essentiellement la terre plus loin dans ce qui était autrefois l'océan. Ainsi, le trajet du fleuve Mississippi vers le golfe du Mexique ne cesse de s'allonger. L'US Army Corps of Engineers a construit plusieurs structures pour empêcher la rivière de changer de cours en raison des changements dans son delta.
