L'identification des coyotes implique l'observation de la taille, de la couleur et des caractéristiques physiques ainsi que l'écoute des vocalisations. Les coyotes sont plus petits que les loups et ont à peu près la taille d'un petit berger allemand. Ils ont de longs visages pointus, des museaux étroits et de grandes oreilles triangulaires. Les coyotes peuvent varier en couleur du gris au rougeâtre ou au brun clair. Ils ont des manteaux épais qui les font souvent paraître plus gros qu'ils ne le sont vraiment.
Les coyotes ont également une longue queue touffue avec une pointe noire. Alors que les renards courent avec la queue pointée vers l'extérieur, les coyotes se déplacent avec la queue pointée vers le bas. La seule fois où un coyote tient sa queue horizontalement, c'est lorsqu'il fait preuve d'agressivité. Les renards ont une différence de couleur et une variation sur leurs pattes contrairement aux coyotes qui ont la même couleur globale. De plus, les coyotes ont des yeux jaunes distinctifs qui les aident à voir dans des conditions de faible luminosité.
Une autre façon d'identifier les coyotes est d'écouter leurs appels. Ce sont des séries de jappements, d'aboiements et de hurlements aigus. Les aboiements peuvent souvent ressembler à ceux d'un chien domestique. Les traces de coyote peuvent également aider à l'identification. Les empreintes de patte avant sont plus grandes que l'arrière et ont des coussinets de pied nettement plus petits. Les coyotes ont également des marques de griffes qui sont visibles lorsque le sol est mou.
