Les premiers établissements humains indigènes de la forêt amazonienne étaient basés sur une forme d'agriculture en rotation connue sous le nom d'agriculture itinérante ou de culture sur brûlis. Les indigènes amazoniens ont défriché une petite zone circulaire de la forêt tropicale dense, généralement entre 2,5 et 5 acres, lui ont permis de sécher, puis ont brûlé la zone défrichée et séchée. Le brûlage a transformé les nutriments de la végétation séchée en une couche d'engrais qui a permis la croissance de cultures dans un sol qui aurait autrement été mal adapté à l'agriculture.
Parce que les colonies indigènes amazoniennes étaient petites et que l'agriculture sur brûlis était pratiquée par rotation, la dégradation de l'environnement était négligeable. Contrairement à la déforestation actuelle qui a lieu dans la région, aucun dommage irréversible à l'environnement n'a eu lieu.
En 2015, la région amazonienne comptait environ 800 000 habitants autochtones et la population humaine totale, qui a considérablement augmenté depuis que les premiers colons européens ont commencé à explorer la région, s'élève à plus de 25 millions. En raison de la forte migration dans la région, des facteurs tels que l'exploitation forestière, l'extraction de pétrole et de minéraux, l'élevage de bétail et les barrages hydroélectriques ont affecté l'environnement de la région d'une manière que de nombreux écologistes considèrent comme irréversible.