Les éponges utilisent principalement des produits chimiques pour se protéger, et les produits chimiques sont soit toxiques, soit simplement mauvais au goût. Cela empêche non seulement la prédation, mais aussi la concurrence, car les produits chimiques qu'elles libèrent empêchent d'autres organismes de se développer à proximité d'elles. . Les espèces individuelles ont d'autres stratégies, comme s'enfouir dans les coraux, les rochers ou les mollusques pour se protéger.
Une autre stratégie utilisée par de nombreux coraux pour éloigner les prédateurs tels que les étoiles de mer consiste à répandre de minuscules morceaux de leurs éléments squelettiques, appelés spicules, sur le fond marin. Ceux-ci peuvent s'accumuler en une couche épaisse, dissuadant les prédateurs qui doivent ramper pour les atteindre. Toutes les éponges n'ont pas de mécanisme de défense direct. Les éponges de verre ne produisent aucune toxine, mais elles vivent dans l'océan très profond où les prédateurs sont rares.
Malgré leurs défenses, les éponges ne peuvent faire que de légers mouvements, alors qu'elles peuvent bouger du tout. Ils sont vulnérables à tous les organismes capables de surmonter leurs défenses et sont la proie de nombreuses espèces de tortues, de poissons et d'invertébrés. Cependant, les éponges peuvent partiellement bénéficier de la prédation, car les fragments d'éponge laissés par les prédateurs peuvent souvent survivre et se rétablir en tant qu'organismes indépendants. Leur organisation au niveau cellulaire extrêmement simple signifie qu'ils peuvent souvent survivre même à de graves dommages causés par des prédateurs ou des effets environnementaux.
