La plupart des champignons obtiennent de l'énergie en absorbant la matière organique vivante ou morte à travers leurs réseaux d'hyphes. Les champignons sont capables d'absorber les nutriments de nombreux substrats différents, notamment l'ammoniac, l'éthanol, l'acétate et le nitrate. Quelques espèces de champignons utilisent le pigment mélanine pour extraire l'énergie des rayonnements ionisants.
Les champignons poussent sur la nourriture dont ils se nourrissent. Cela leur permet d'absorber des matières végétales ou animales à travers leurs membranes et leurs hyphes. Les champignons ne sont capables d'absorber que des nutriments simples qui se dissolvent dans l'eau, comme le sucre. Afin d'utiliser des nutriments complexes pour créer de l'énergie, les champignons excrètent des enzymes digestives, qui décomposent la matière complexe, la simplifiant pour qu'elle puisse être consommée.
Les champignons poussent généralement sur des matières organiques humides et riches en nutriments, telles que des plantes ou des animaux morts ou vivants. Les hyphes sont à la base de la fonction des champignons et sont utilisés à de nombreuses fins, notamment la conversion des nutriments en énergie. Certaines espèces de champignons utilisent des hyphes pour piéger leurs proies, puis absorbent leurs fluides.
Certaines espèces de champignons ont des relations symbiotiques avec les plantes. Les champignons aident la plante à traiter les métaux et autres matériaux complexes tout en fournissant à la plante des nutriments précieux, tels que le phosphore. À son tour, la plante fournit aux champignons les nutriments nécessaires pour produire de l'énergie. D'autres espèces de champignons sont des chasseurs et utilisent leurs hyphes pour piéger de minuscules créatures, telles que les nématodes ou les protozoaires.