L'effet le plus courant de la pollution de l'eau sur les êtres humains est la maladie. L'eau potable contaminée par des micro-organismes porteurs de maladies, également appelés agents pathogènes, provoque diverses maladies d'origine hydrique, telles que la typhoïde, la dysenterie, l'hépatite et le choléra.
Les polluants chimiques, les dépôts de déchets industriels et les déchets toxiques peuvent causer des problèmes de santé à long terme aux humains, en particulier lorsqu'ils contaminent les poissons. Les organismes aquatiques, tels que les poissons, peuvent consommer accidentellement des substances toxiques, c'est ainsi que les toxines sont transférées dans le corps humain.
Les problèmes de santé qui peuvent résulter de l'eau potable contenant des produits chimiques ou des déchets toxiques comprennent la défaillance d'organes, des malformations physiques et même la mort.
La présence de la bactérie Escherichia coli, communément appelée E. coli, dans une source d'eau est une indication de la présence de déchets humains ou animaux dans l'eau. Cette bactérie est un type de bactérie coliforme fécale présente dans les intestins des humains et des animaux. L'eau potable qui contient la bactérie E. coli peut causer de la diarrhée, des crampes abdominales, des maux de tête et des nausées. Les jeunes enfants et les personnes âgées peuvent être plus sensibles aux effets indésirables d'E. coli car leur système immunitaire est fragile.
L'eau polluée est également un terrain fertile pour les moustiques. Les piqûres de moustiques peuvent affecter la santé humaine et provoquer des maladies, telles que le paludisme et la dengue.