Le mutualisme facultatif fait référence à une relation biologique dans laquelle les deux organismes bénéficient de l'association, mais la relation n'est pas essentielle. Si les organismes doivent vivre mutuellement, alors au lieu d'être mutualisme facultatif, on l'appelle mutualisme obligatoire.
Un exemple d'organismes qui connaissent le mutualisme facultatif serait les pucerons et les fourmis. Les pucerons et les fourmis sont capables de vivre complètement séparément. Cependant, lorsque les deux insectes vivent dans la même zone, les fourmis protègent les pucerons de la prédation, et les pucerons fournissent un fluide sucré dont les fourmis peuvent vivre.
Un autre exemple courant de mutualisme facultatif est la relation entre les petits poissons nettoyeurs et les gros poissons. Aucune des espèces n'a besoin de vivre ensemble, mais les plus petits poissons peuvent se nourrir des parasites des plus gros poissons. Dans ce cas, les petits poissons gagnent en nutrition et les gros poissons reçoivent une protection contre les parasites.
Selon le département de biologie du Collège McDaniel, le mutualisme aurait évolué en réponse aux interactions parasitaires. Lorsqu'un organisme n'a pas pu échapper à un parasite, il peut avoir évolué pour gagner dans la relation.
Il existe différents types d'interactions mutuelles, qui peuvent toutes être facultatives ou obligatoires. Les organismes peuvent s'abriter, se nourrir, se défendre, se déplacer ou polliniser. Cependant, il n'est pas nécessaire que les organismes obtiennent le même avantage dans la relation mutuelle. Dans l'exemple des fourmis et des pucerons, les pucerons gagnent en défense contre les fourmis et les fourmis gagnent en nutrition.