Une longue chaîne de nombreux acides aminés s'appelle un polypeptide. Un polypeptide a des centaines voire des milliers d'acides aminés liés entre eux, tandis qu'un peptide est une chaîne plus petite d'acides aminés. Comme son nom l'indique, les polypeptides sont composés de plusieurs peptides.
Une longue chaîne d'acides aminés peut ou non être également considérée comme une protéine. En général, la chaîne basique des acides est considérée comme un polypeptide jusqu'à ce qu'elle prenne sa forme finale tridimensionnelle, qui est fonctionnelle. De plus, certaines protéines sont composées à la fois de polypeptides et d'autres groupes moléculaires appelés cofacteurs ou groupes prosthétiques. Les protéines sont responsables d'un large éventail de tâches biologiques dans la plupart des organismes vivants.