Chaque acide aminé est composé de trois codes triplets de base appelés codons. Les codons sont constitués de trois combinaisons de quatre nucléotides disponibles. Il existe 64 combinaisons potentielles de codons.
Les codons utilisés déterminent le type d'acide aminé créé. L'ordre des codons dans la séquence triplet détermine quelle protéine est créée. Soixante et une des 64 combinaisons créent les acides aminés dans les protéines. Les combinaisons restantes créent les séquences de fin ou d'arrêt de la chaîne. Plusieurs codons, appelés codons synonymes, peuvent coder pour le même acide aminé. Lorsque des codons synonymes sont présents dans une chaîne, la chaîne est dite dégénérée.