Les cobayes ont généralement entre un et quatre bébés, ou petits, dans chaque portée, selon le Guinée Lynx. Cependant, en de rares occasions, une mère cobaye, également appelée truie, peut avoir sept chiots ou plus dans une portée.
La période de gestation des cobayes dure entre 59 et 73 jours. Les truies deviennent sexuellement matures et capables de se reproduire vers l'âge de quatre semaines, et elles sont capables de retomber enceintes quelques heures seulement après l'accouchement. Pour cette raison, il est recommandé que tous les cobayes mâles, également appelés sangliers, soient retirés d'une cage contenant une nouvelle mère cobaye et sa portée.