La race avec laquelle un Chihuahua est mélangé est inconnue. Il existe de nombreuses idées quant à l'origine de la race, mais il n'y a aucune preuve qu'elles soient vraies.
Certains pensent que la race est originaire d'Amérique du Sud et d'Amérique centrale et qu'elle a été développée grâce à l'élevage du chien Techichi. D'autres pensent que le Chihuahua est originaire de Chine et a été importé aux États-Unis où il a été élevé avec des chiens indigènes plus petits. D'autres encore pensent que la race est dérivée du renard Fennec, originaire d'Afrique du Sud.
Même avec des preuves que les chihuahuas existent depuis l'Antiquité, on dit qu'ils sont originaires du Mexique et tirent leur nom de l'état de Chihuahua situé dans ce pays.